優點
1)成本較低，一方面對環境要求較低，投資不高，且對操作員水平要求較低。
2)操作簡單，注意事項較少(發酵搖瓶試驗最強攻略);
3)對硬件要求較低，輔助設施少，只需要超凈工作臺(在非潔凈區的無菌接種操作)，滅菌柜，培養箱或搖床;
*上圖來自百度劣勢
1)過程參數獲得困難，試驗結果多是直方圖，不足以支撐發酵罐生產工藝確定;
2)雖然可在搖瓶發酵過程中進行批補料，但是一方面存在無菌問題，另一方面缺少補料的依據，而且不能夠持續補料;
3)pH和溶解氧難以實現自控;
4 )對高需氧，高剪切力需求的工藝不適合;
5)不適合進行生產。
適用于
1)培養基優化：可能通過對比培養基參數和發酵結果，建立培養基成分與發酵的定量關系(什么才是真正的培養基優化);
2)作為培養基有機氮源等原料的入庫標準：雖然搖瓶過程不方便取樣分析，但是通過對有機氮源進行詳細的分析，可能獲得有機氮源的采購標準或者入庫標準。為生產穩定提供保障;
3菌種驗證：可以建立合理的對照系統，使搖瓶結果能夠真實反應菌種生產能力，為生產波動排除種子質量提供可能。
